Danke, so sieht es aus! (Corona)

AgentScully, Ort, Freitag, 21.08.2020, 10:17 (vor 1954 Tagen) @ Annika
bearbeitet von AgentScully, Freitag, 21.08.2020, 10:28

Die Probe 340065 mit nur einem Coranvirus führt aber schon dazu, dass die multiplizierte Wahrscheinlichkeit eines False Positve bei einem E- und N-Gen Test auf 99,5% absinkt. Schon dieser Wert würde bei einer sehr niedrigen Durchseuchung viele false positives produzieren und wie gesagt dürfte ein Auftreten des E-Gens in der realen Welt sehr viel häufiger sein - der wirklich spezfische Marker (das N-Gen) hat selbst in dieser Probe nur eine Spezifität von 88%.

Aber nur, weil Proben verwechselt wurden. Siehe die Spaltenüberschriften im Hinblick auf die Probe 340065, rot gedruckte Spalte. Bei Reduzierung des Samples um die verwechselten Proben (Spalte E-1) beträgt die Falsch-Positiv-Rate 0,0154 Prozent.

Ich habe deinen verlinkten Text mal kurz überflogen und auch den darin verlinkten Artikel zu laborjournal und ich sehe da nichts, was meine Bedenken entkräftet. Der Artikel erwähnt ebenfalls nochmal: "Kritisch ist das Primer-Set für das E-Gen, das keinen einzigen Mismatch aufweist." Dabei ist das E-Gen in der Probe 340065 das Gen mit der höheren Spezifität, wohingegen das N-Gen, für das es ja viel mehr Primer mit mismatches gibt nur einen Wert von 88% hat.

Wie gesagt, weil sie Proben vertauscht haben. Das kann natürlich auch mal vorkommen in einem realen Labor, kann man aber nicht dem Test an sich anrechnen.

Die verlinkte Quelle zeigt die Art der Mismatches. Viren von Pangolinen und Fledermäusen, keine menschlichen Coronaviren.