Danke, so sieht es aus! (Corona)

Annika, Luzern, Freitag, 21.08.2020, 00:04 (vor 1953 Tagen) @ AgentScully
bearbeitet von Annika, Freitag, 21.08.2020, 00:09

Was genau soll man dann von diesen Werten halten, wenn es sich bei der Probe um "nicht infizierte Lysate" handelt - wobei "nicht infiziert" sich hier auf alle Coronaviren bezieht und nicht explizit nur auf Sars-Cov-2? Die Werte sagen also etwas über die Spezifität der Tests aus, wenn die Zelle keinerlei Coranaviren Gene aufweist. Wenn ich es richtig sehe, kann der Test aber keinerlei Aussage darüber treffen, wie die Spezifität sich verhält, wenn eine Probe Fragmente anderer Coronaviren (die ja momentan wahrscheinlich noch weitaus weiter verbreitet sind als Sars-Cov-2) in sich trägt . Das E-Gen ist wie bereits erwähnt zum Beispiel nicht Sars-Cov-2 spezifisch und die Spezifität von 99,5% hierfür dürfte in der realen Welt sehr viel geringer sein als in der Probe 340062.

Die anderen beiden Spezifitätskontrollen (340060 und 340065) enthalten aber andere Corona-Viren. Und zur Spezifität im Hinblick auf das E-Gen vgl. hier: https://scilogs.spektrum.de/lifescience/corona-im-rinderwahn-oder-warum-ich-einen-fehler-gemacht-habe-und-jetzt-mehr-recht-habe-als-vorher/

Die Probe 340065 mit nur einem Coranvirus führt aber schon dazu, dass die multiplizierte Wahrscheinlichkeit eines False Positve bei einem E- und N-Gen Test auf 99,5% absinkt. Schon dieser Wert würde bei einer sehr niedrigen Durchseuchung viele false positives produzieren und wie gesagt dürfte ein Auftreten des E-Gens in der realen Welt sehr viel häufiger sein - der wirklich spezfische Marker (das N-Gen) hat selbst in dieser Probe nur eine Spezifität von 88%.
Ich habe deinen verlinkten Text mal kurz überflogen und auch den darin verlinkten Artikel zu laborjournal und ich sehe da nichts, was meine Bedenken entkräftet. Der Artikel erwähnt ebenfalls nochmal: "Kritisch ist das Primer-Set für das E-Gen, das keinen einzigen Mismatch aufweist." Dabei ist das E-Gen in der Probe 340065 das Gen mit der höheren Spezifität, wohingegen das N-Gen, für das es ja viel mehr Primer mit mismatches gibt nur einen Wert von 88% hat.